Để có thể nhận dạng đất phèn, một trong những đặc điểm quan trọng nhất là hình thái phẫu diện đất. Do hiện diện trong điều kiện khử và có tầng sinh phèn nên thường nền đất có màu xám đen, nhất là nơi có chứa khoáng pyrit (FeS2). Mật độ và phân bố của các khoáng pyrit đủ để hình thành một tầng sinh phèn (sulfidic). Ngoài ra, trong phèn tiềm tàng có thể có nhiều hợp chất khác như H2S, các ôxít Fe, Al, các hợp chất hữu cơ...Một số nơi, nền đất có thể có màu xám hơi xanh nhưng quan sát kỹ thì chúng ta có thể nhận dạng ra được những đốm đen chen lẫn trong đất. Đất kém phát triển, không thuần thục nên thường không có cấu trúc hoặc có cấu trúc rất yếu trên tầng mặt. Thường đất có chứa nhiều chất hữu cơ phân hủy đến bán phân hủy và có thể quan sát bằng mắt thường. Do phẫu diện đất thường được bão hòa nước thường xuyên nên ẩm độ đất khá cao ngay cả trong mùa khô